Stefano Aurelio Bacciarini nacque da Michele, mugnaio e proprietario di un piccolo negozio, e da Maria Sciarini a Lavertezzo, nel Canton Ticino in Svizzera, il 2 novembre 1873. Dopo un’infanzia provata dalla morte del padre e dalle condizioni disagiate della famiglia, studiò al seminario minore di Barlassina (presso Milano) e ai seminari maggiori di Lugano, Milano e Monza. Divenuto dottore in teologia, ricevette l’ordinazione sacerdotale il 12 giugno 1897 e per sei anni fu parroco ad Arzo. Successivamente direttore spirituale del seminario minore di Pollegio (1903-06), nel 1906 entrò nella Congregazione dei Servi della Carità perché voleva vivere a contatto con gli ultimi, in un desiderio di autenticità evangelica da vivere concretamente. Poi nel 1912 cercò altrove la radicalità che desiderava provando nella Trappa alle Tre Fontane a Roma. Ma dopo qualche settimana sentì il richiamo della vita accanto ai poveri e scrisse: «Alla Trappa ho trovato una vita austera e penitente: però non ci trovai tutte quelle occasioni di sacrificio che vi sono alla Provvidenza: e il rimorso di essere andato alla solitudine quasi a cercarvi i miei comodi fu altro dei motivi che mi persuase al ritorno».
Nel 1915 fu eletto superiore ad interim e successivamente superiore generale della Congregazione guanelliana dal 1921 al 1924. Il 12 gennaio 1917 fu nominato vescovo titolare di Daulia e Amministratore Apostolico del Ticino e consacrato vescovo il 21 gennaio dello stesso anno nella sua parrocchia dal cardinale Vicario Basilio Pompilj.
Nel periodo di governo della diocesi di Lugano, si sforzò di riorganizzare l’Azione Cattolica. Promosse l’insegnamento religioso e difese la presenza del crocifisso nei luoghi pubblici. Volle un quotidiano cattolico che venne istituito nel 1926 con la testata Giornale del Popolo. Promosse opere di carità, come il Sanatorio pediatrico di Medoscio e l’apertura di Case per anziani. La sofferenza per malattie, che lo accompagnò per tutta la vita, sopportata con eroico spirito cristiano, gli valsero da Benedetto XV il titolo di “Giobbe dell’episcopato”. A queste si unirono quelle dovute a situazioni della diocesi luganese e al clima politico liberale e anticlericale del Ticino. Muore a Lugano il 27 Giugno del 1935.